Actuellement, plus d'un millions d’hectares sont certifiés biologiques et gérés par au moins 530 000 producteurs en Afrique. Ces terres sont
majoritairement exploitées pour des cultures pérennes. Les principales cultures pérennes sont des cultures de rente telles que le café, les olives et le cacao. Le pays ayant la plus grande superficie agricole exploitée sous certification biologique est l’Ouganda (228 419 hectares).
Toutefois, en termes de proportion des surfaces exploitées bio par rapport aux surfaces agricoles par pays, Sao Tomé et Prince a la plus haute proportion (7,9%). L'Ouganda (188 625 fermes) a le plus grand nombre de fermes bio, suivi de l'Ethiopie (123 062 fermes) et de la Tanzanie (85 366 fermes).
En plus des surfaces agricoles bio, 16,4 millions d’hectares sont certifiés comme forêts et zones d’apiculture et de « collectes sauvages ». Les plus grandes zones d’apiculture se trouvent au Cameroun (6 millions d'hectares). Les plus grandes zones de « collectes sauvages » se trouvent en Namibie (3,0 millions d’hectares) et au Maroc (618 000 hectares). Les plantes médicinales comme l’harpagophytum (Harpagophytum procumbens) sont les plus collectées.
En plus de l'agriculture biologique certifiée, une partie importante de la production biologique se déroule également sans certification en Afrique. Il existe des agriculteurs biologiques pour lesquels la certification n'a pas d'avantages. Ceci est vrai pour les agriculteurs qui pratiquent une agriculture de subsistance, essentiellement pour assurer la sécurité alimentaire de leur famille ou de leur communauté. Il n'existe pas de statistiques officielles sur ce type de production biologique.